کلیفرم های کل:
کلیفرم ها گروهی از باکتری های گرم منفی و میله ای شکل هستند که غیر بیماری زا و غیراسپور ساز هستند. شایع ترین جنس های کلی فرم عبارتند از: اشریشیا، انتروباکتر، سیتروباکتر، سراتیا و کلبسیلا، که E. coli فراوان ترین آنها در روده انسان و سایر حیوانات خونگرم است. باکتری‌های کلیفرم با توانایی تخمیر لاکتوز برای تولید اسید و گاز در 48 ساعت، زمانی که در دمای 35 درجه سانتیگراد انکوبه می‌شوند، قابل شناسایی هستند.
با این حال، توسعه و استفاده از رسانه‌ها و کیت‌های تجاری برای تشخیص کلیفرم‌ها 
بر اساس آنزیم‌های خاص (ب-گالاکتوزیداز)، تعریف کلیفرم‌ها را به گونه‌ای گسترش داده است که بسیاری از جنس‌های باکتری را در بر می‌گیرد که برخی از آنها عمدتاً در محیط زندگی می‌کنند تا در روده. جانوران خونگرم از آنجایی که در روده انسان، حیوانات اهلی و حیوانات وحشی یافت می شوند، کلیفرم ها همراه با ارگانیسم های بیماری زا موجود در روده حیوانات آلوده در مدفوع ریخته می شوند و به راحتی می توان آنها را در آب شناسایی کرد. کلیفرم کل از سال 1914 توسط سرویس بهداشت عمومی ایالات متحده به عنوان استاندارد کیفیت بهداشتی آب استفاده شده است. با این حال، از آنجا که برخی از کلیفرم ها به طور طبیعی در خاک، محیط های آبی از جمله سیستم های توزیع آب آشامیدنی، و مواد گیاهی که در آن می توانند تکثیر شوند، وجود دارند، و از آنجا که ارگانیسم های بیماری زا در آب رخ می دهند و شیوع بیماری حتی زمانی که کلیفرم وجود ندارد، رخ داده است، آنها قابل اعتماد نیستند. شاخص های آلودگی مدفوع و یا شاخص هایی برای حضور میکروارگانیسم های بیماری زا.
کلیفرم های مدفوعی:
کلیفرم های مدفوعی (FC) زیرگروهی از کلیفرم های کل هستند که عمدتاً از E. coli، Enterobacter و مقداری Klebsiella تشکیل شده است. آنها در روده حیوانات خونگرم زندگی می کنند. زیرا آنها می توانند لاکتوز را در دمای نسبتاً بالا (تقریبا 45.08 درجه سانتیگراد) رشد و تخمیر کنند.
اشریشیا کلی:
اشریشیا کلی در روده انسان و سایر حیوانات خونگرم یافت می شود که در آن عملکردهای فیزیولوژیکی مهمی را انجام می دهد. آنها به طور معمول در محیط های دیگر زندگی نمی کنند، اما گزارش شده است که در 
آب های سطحی، به ویژه در محیط های گرمسیری، تکثیر می شوند. چندین سویه از E. coli معمولاً بیماری‌زا نیستند، اگرچه بیماری‌هایی مانند سپتی سمی و عفونت‌های دستگاه ادراری گزارش شده‌اند، به‌ویژه در افراد دارای نقص ایمنی.
برخی از سویه های E. coli (به عنوان مثال ، E. coli O157:H7) سمومی تولید می کنند که ممکن است باعث اسهال یا حتی مرگ در انسان، به ویژه در افراد مسن و کودکان شود. را می توان در Feng et al. E.coli برای اولین بار به عنوان یک گونه شاخص در سال 1892 پیشنهاد شد. اما تنها پس از توسعه روش های جدیدتر برای شناسایی سریع و تمایز گونه از سایر اعضای گروه کلیفرم مدفوعی بود که به طور رسمی به عنوان یک شاخص مورد استفاده قرار گرفت. گونه ها.